65个Genus转录组
| 所有结果位于 | /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/allTrinity |
|---|---|
| 合并组装输入文件 | /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/65Genus.fa |
| 组装结果位于 | /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/Ttrinity |
转录组组装相关分析(by 李妍,补充缺失的注释(20221027))
转录组表达量相关分析(by 李妍 补充百合65Genus转录组表达量分析 20221028)
1.65个转录组数据合并组装,筛选最长转录本,翻译蛋白,功能注释,计算比对率,表达量;
2.LDBHall 是所有泸定百合的不同花的转录组,筛选最长转录本,翻译蛋白,功能注释,比对回基因组(寻找注释的缺失,BUSCO评估)
3.LDBH(亮生转录组数据)的花期样本共计75个比对回基因组,计算表达量;(已完成)
4.65个转录组;65Genus的每一个样本(结果位于/public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/allTrinity/),均进行最长转录本,翻译蛋白,功能注释,后续将进行进化分析时使用;
物种内进化使用
/public2/home/gus02/BaiheTrinity_protein/Orthofinder3-94Sp
/public2/home/gus02/BaiheNew
/public2/home/gus02/BaiheNew/FPKM_2023Wujian