转录组分析

65个Genus转录组

所有结果位于 /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/allTrinity
合并组装输入文件 /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/65Genus.fa
组装结果位于 /public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/Ttrinity

转录组组装相关分析(by 李妍,补充缺失的注释(20221027)

转录组表达量相关分析(by 李妍 补充百合65Genus转录组表达量分析 20221028)

1.65个转录组数据合并组装,筛选最长转录本,翻译蛋白,功能注释,计算比对率,表达量;

2.LDBHall 是所有泸定百合的不同花的转录组,筛选最长转录本,翻译蛋白,功能注释,比对回基因组(寻找注释的缺失,BUSCO评估)

3.LDBH(亮生转录组数据)的花期样本共计75个比对回基因组,计算表达量;(已完成)

4.65个转录组;65Genus的每一个样本(结果位于/public1/home/gus02/annobaihe/trans_assemble/65Genus/allTrinity/),均进行最长转录本,翻译蛋白,功能注释,后续将进行进化分析时使用;

物种内进化使用

/public2/home/gus02/BaiheTrinity_protein/Orthofinder3-94Sp

杜老师最近一批表达数据表达量目录:

/public2/home/gus02/BaiheNew

吴健2023年数据表达目录:

/public2/home/gus02/BaiheNew/FPKM_2023Wujian